1994年3月，朱镕基副总理专门召开会议研究注册会计师培训问题，会议决定在北京、上海、广东建设三个大规模的注册会计师培训基地。1995年3月朱镕基副总理再次召开会议决定北京培训基地先上马。正式拉开了“国家会计学院”建设的序幕。
    1995年6月，朱镕基副总理主持召开注册会计师培训工作领导小组现场办公会。并就注册会计师北京培训基地选址问题视察了北京顺义天竺开发区和清华大学科技园。他强调指出：“创建注册会计师培训基地是根据江泽民同志关于要大量培养注册会计师的指示提出来的。……这个任务是千秋万代的事业，是奠定社会主义市场经济基础的一件极为重要的事情。”同时他提出：“要有崭新的思想来办好这个学校，为了加强对这个学院的领导，我建议成立校董会，因为这个学校不只是为财政部服务的，它要为全国的财政、金融，包括审计各个系统服务。学院由国务院亲自主持，财政部主管，协调各方面的利益、意见和要求。”
    1996年2月至1998年5月，经过学习借鉴国际先进注册会计师管理、培训经验，在财政部的领导下，完成了基地建设的各项审批工作。国家计委将北京培训基地增列为1998年国家重点建设项目。
    1998年4月，朱镕基总理、李岚清副总理、吴邦国副总理、温家宝副总理和王忠禹国务委员批准同意北京、上海、广东三个培训基地的投资预算，并批准同意成立国家会计学院。朱镕基总理亲自选定国家会计学院的总体设计方案。1998年底，学院基建项目进入实质性实施阶段。
   学院第一届董事会 1999年1月11日，财政部组建国家会计学院董事会（财人字［1999］2号)。董事会成员单位由财政部、国家发展计划委员会、人事部、中国人民银行、教育部、国家经贸委、国务院体改办、审计署及北京市人民政府、清华大学组成。主席由财政部部长担任。
   董事会主席：项怀诚(财政部部长)。董事成员：郝建秀(国家发展计划委员会副主任)、李剑阁(国务院体改办副主任)、郑斯林(国家经贸委副主任)、周远清(教育部副部长)、徐颂陶(人事部副部长)、尚福林(中国人民银行副行长)、翟熙贵(审计署副审计长)、张佑才(财政部副部长)、林文漪(北京市副市长)、王大中(清华大学校长)、梁尤能(清华大学副校长、中注协副会长)、王建国(财政部人事教育司副司长)
    1999年3月2日，国家会计学院董事会董事长、财政部部长项怀诚主持召开国家会计学院董事会成立暨第一次全体会议。会议通过《国家会计学院董事会章程》。