北京国家会计学院的研究生教育起步于2002年,是国内首批开展会计专业硕士研究生教育工作的单位。自2012年起学院开始自主招收专业会计、审计硕士研究生,经过十余年的发展,现有会计、审计、税务和金融四个专业硕士学位,累计自主招生 2000 余人,授予 1500 多人硕士学位。2018 年 5 月学院获评成为 MPAcc 质量认证 A 级成员单位。2023年12月顺利通过AAPEQ认证维持认证。