北京国家会计学院的研究生教育起步于2002年，是国内首批开展会计专业硕士研究生教育工作的单位。自2012年起学院开始自主招收专业会计、审计硕士研究生，经过十余年的发展，现有会计、审计、税务和金融四个专业硕士学位，累计自主招生 2000 余人，授予 1500 多人硕士学位。2018 年 5 月学院获评成为 MPAcc 质量认证 A 级成员单位。2023年12月顺利通过AAPEQ认证维持认证。
学院研究生教育坚持全面贯彻党的教育方针，落实立德树人根本任务，把思想政治教育、职业道德培育和专业素养提升有机结合，以质量为纲，锻造形成了独具特色的精品研究生教育品牌。在培养过程中，学院逐步建立起以职业需求为导向、以实务能力培养为重点、以产学研结合为路径的研究生培养模式。通过加强案例教学、自主举办学科案例大赛、强化实验室教学、实行“双导师制”、加强研究生联合培养基地建设等培养渠道和方式，不断强化研究生应用实践能力培养，持续提升研究生培养质量和用人单位满意度。
在坚持内涵式发展的同时，学院研究生教育稳步推进外延式发展，不断深化拓展中外合作办学项目层次和规模，已开展的境外项目包括与美国天普大学合作举办的IT审计与网络安全硕士项目，与香港城市大学合作举办的智能会计与金融科技应用理学硕士项目，以及与 PSL·巴黎第九大学联合培养的高级工商管理博士项目。
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